沙地柏逆转座子的多样性分析

doi:10.13466/j.cnki.lyzygl.2014.02.029

林业资源管理 ›› 2014, Vol. 0 ›› Issue (2): 155-160.doi: 10.13466/j.cnki.lyzygl.2014.02.029

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沙地柏逆转座子的多样性分析

余利敏¹, 林晓飞², 张文泉³, 张国盛¹, 张文波¹

1.内蒙古农业大学林学院,呼和浩特 010019;
2.内蒙古大学生命科学学院,呼和浩特 010021;
3.贵州凯里学院,贵州凯里 556011

收稿日期:2014-04-22 修回日期:2014-04-25 出版日期:2014-04-28 发布日期:2020-12-09
通讯作者: 张文波(1971-),男,副教授,博士,主要从事林木遗传育种的研究工作。Email:wenbo20090101@163.com
作者简介:余利敏(1989-),女,内蒙古乌兰察布人,在读硕士,主要研究方向:分子遗传育种
基金资助:
国家自然科学基金(31060106,31160143,30960030,31260168);内蒙古自然科学基金(2010BS0509,2009MS0505)

Analysis on Diversity of Retrotransposons in Sabina vulgaris

YU Limin¹, LIN Xiaofei², ZHANG Wenquan³, ZHANG Guosheng¹, ZHANG Wenbo¹

1. College of Forestry,Inner Mongolia Agricultural University,Hohhot 010019,China;
2. College of Life Science,Inner Mongolia University,Hohhot 010021,China;
3. Guizhou Caili University,Caili,Guizhou 556011,China

Received:2014-04-22 Revised:2014-04-25 Online:2014-04-28 Published:2020-12-09

摘要/Abstract

摘要： 为了开发沙地柏(Sabina vulgaris)的逆转座子基因资源,分析其在沙地柏基因组中的多样性和系统进化关系,采用兼并-PCR技术克隆了22条Ty1-copia类逆转座子逆转录酶序列。所克隆的核苷酸序列除去两端引物后的长度范围为239～247bp,同源性范围为49.6%～98.4%,显示出较高的异质性。核苷酸聚类分析结果显示,该22条序列由5个家族组成;氨基酸序列分析结果显示,有7条序列出现终止密码子突变,4条序列表现移框突变;且将这些逆转录酶的氨基酸序列与其它物种同一类型逆转录酶的氨基酸序列进行聚类分析表明,它们可能与其它物种的Ty1-copia逆转录酶有共同的起源。以上研究结果证实了沙地柏基因组中逆转座子的多样性,可为进一步利用逆转座子进行沙地柏的品种鉴定和遗传多样性分析奠定基础。

关键词: 沙地柏, 逆转座子, 逆转录酶, 多样性

Abstract: For exploiting retrotransposon gene resource,and analyzing diversity and phylogenetic evolution of retrotransposons in Sabina vulgaris genome,twenty-two of fragments encoding reverse transcriptase of Ty1-copia-like retrotransposon were cloned by degenerate-PCR.The length of the nucleotide sequences excluding primer varied from 239 to 247 bp,and homology ranged from 49.6% to 98.4%,showing high heterogeneity.Phylogenetic analysis of the nucleotide sequences showed that the twenty-two sequences consisted of five families.When they were translated into amino acids,stop codon mutation was found in seven sequences,and frameshift mutation was found in four sequences.The alignment analysis of amino acid sequences of Ty1-copia-like reverse transcriptases from S.vulgaris and other plant species suggested that they may have the same origin.These results demonstrated diversity of retrotransposon in S.vulgaris genome,and could prove to be useful for further study on genetic diversity and cultivar identification of S.vulgaris.

Key words: Sabina vulgaris, retrotransposon, reverse transcriptase, diversity

中图分类号:

余利敏, 林晓飞, 张文泉, 张国盛, 张文波. 沙地柏逆转座子的多样性分析[J]. 林业资源管理, 2014, 0(2): 155-160.

YU Limin, LIN Xiaofei, ZHANG Wenquan, ZHANG Guosheng, ZHANG Wenbo. Analysis on Diversity of Retrotransposons in Sabina vulgaris[J]. FOREST RESOURCES WANAGEMENT, 2014, 0(2): 155-160.

参考文献

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Analysis on Diversity of Retrotransposons in Sabina vulgaris

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